Big Boss为阻止核弹发射来到尼加拉瓜的美军基地,发现这里被苏聯军隊控制着。站在他面前的寇曼声称将会给PeaceWalker输入假资料,让它误以为苏联发射核弹然后对苏联展开“反击”。蓋爾維茲这时候突然出現,原來他实际的名字是Vladimir Alexandrovich Zadornov,是KGB的间谍;他假意投降CIA,利用美国的技术开发PeaceWalker然后据为己有。蓋爾維茲命令帕姿射死寇曼,但帕姿并不愿意这样做。蓋爾維茲打伤寇曼,打算利用寇曼输入指令,将目标改为古巴,让全世界以为美国主动攻击共产主义国家并借机控制中美洲。FSLN和无国界军队及时赶到将敌人一网打尽。被俘虏的寇曼临死前启动了PeaceWalker,将假资料发送到美军司令部让美国误以为苏联发射核弹,然后让忠于任务的PeaceWalker发动反攻。Big Boss击败了PeaceWalker却无法阻止其资料传送。这时模拟頭目的AI作出了自杀的决定,控制PeaceWalker走向大海以阻止信号传送。