04，Rites Of Passage
湯米來到祖先的精神領地，祖父要傳授湯米他們祖先世世代代傳下來的「靈魂出殼」大法（E鍵），在靈魂狀態下還可以用弓箭攻擊對方。不過需要注意的是在靈魂狀態下肉體是沒有保護的，只要敵人一攻擊肉體，靈魂就會馬上回到肉體。學完之後祖父會將湯米送回飛船內。
05，Second Chances
回到飛船後，又推一個爆炸蛋到中間的薄膜上引爆，通過一條通道後，遇到粒子門不能通過。用靈魂模式去到粒子門後，用弓箭殺死幾個蛋型怪後打開粒子門旁邊的開關。繼續前進，又是粒子門，如法炮製後打開重力通道的開關，來到重力通道的盡頭似乎沒有路可行，先不要移動肉體，用靈魂模式來到一間房，打開開關，重力通道就會移動，將肉體移動到另外一邊。回到肉體後，殺死幾個敵人，去到剛才靈魂才能進入的房間能得到一把元素槍（4號槍），元素槍的右鍵能吸入火和冰兩種元素作為彈藥（後期還會增加雷射元素）。有一點需要說明的是，湯米在死後會進入靈魂模式，這個時候只要能守住中間的位置，消滅旁邊飛行的藍色和紅色鳥，就會取得藍色血和紅色血，等肉體降臨下來就可以復活。之後再沿路前進，會見到一場兒童靈魂大戰（兒童不宜），靈魂死後會破壞湯米面前的粒子門讓玩家通過。
06，All Fall Down
回到飛船內部後，又見到珍大叫，真吵死人啦，玩家大可不理會她的叫聲繼續前進。之後來到一間房，打開重力通道想走的時候，一個敵人出現把重力通道關閉了，殺了敵人後再打開開關通過。之後又要引爆爆炸蛋炸薄膜，之後通過幾個房間後鑽入一條通道內，在通道出口處先用靈魂模式殺掉敵人再下去。利用頭頂的重力裝置來回改變重力去到對面，一共有兩個開關可以打開，左邊的任意門只是補充彈藥，右邊的任意門才是正路。進入右邊的任意門，小心地上和牆邊會噴糞的洞口，來到走廊盡頭，補充下彈藥，玩玩酒吧內的紙牌機。玩贏後，再通過身後的任意門，此時任意門的另一邊已經是另外一個地方。去到盡頭乘坐升降機上升，同時還會見到升降機對面有兩個人，不知道是人類還是外星人。升降機上升的過程中，玩家可以看到飛船外部，而且還會見到一架波音客機墜毀（外星人真是無所不吸啊）。
離開升降機後，一路向前行，走到一間沒有去路的房間。頭頂上有一個任意門，利用重力裝置改變重力方向，進入任意門。通過任意門後會聽到很多女童尖細叫聲，非常恐怖。然後還會出現很多難纏的靈魂。用4號槍吸入火元素對付他們會比較容易，旁邊還有很多補血的裝置。消滅幾隻靈魂後，他們會開始唱歌，然後平臺旁邊的一道門會升高。從門下方鑽入去，轉左進入任意門。
09，There Are Others
又再次來到祖先的聖地，雖然湯米一再要求祖父馬上送他回飛船去救珍，不過祖父堅持要湯米入靈魂洞窟受訓。進入靈魂洞窟，走到盡頭，看將珍的影像，祖父說了很多關於能力的問題，最後提到Guiding Fires。
10，Guiding Fires
衝出去，首先消滅天上的幾隻水母怪，然後用斷手打開兩個開關，中間升降機前的紅色雷射光就會消失，升降機旁邊有子彈和血補充。升降機內有三層可以選擇，第一層就是玩家所在的最底層，第三層有子彈可以補充，第二層消滅所有敵人後，可去到邊緣的凸出部位，按左鍵乘坐飛行器。在飛行器內部的時候，左鍵發射子彈，右鍵發射牽引光束（距離足夠近才能夠牽引）。熟悉飛行器的操作後，飛到上方有微量藍色光的地方，建議先去上面，將通道前面的兩個大傢伙牽引出來，以免擋住通道出口。之後來到下方的飛行器平臺上，接近平臺的時候會出現一條光線，此時按右鍵就能離開飛行器。進入前面的門內，消滅所有敵人後打開重力通道的開關，利用重力通道去到上面的平臺，打開兩個開關，一個開關能開啟任意門，另外一個開關能打開之前飛行器才能到達的那個通道。用任意門落到下方，再回到飛行器平臺乘坐飛行器。此時會出現很多怪物，可以不理會牠們，直接飛到剛才的通道，大門會自動打開，降落後進入右邊的門，可以補充子彈和血。
之後開啟任意門，又會見到飛行器平臺，利用飛行器飛到外面後向上方的透明管道飛，途中的敵人不要理會，一直沿著管道飛。到達中間的粒子門時，管道的位置會調換一下，之後再一直向前飛，再向下，途中的大門會自動打開，直到見到一個飛行器平臺後再降落。降落後進入前面的門，利用任意門行到重力通道上，消滅所有敵人，再通過任意門會去到最上方的控制塔內。打開控制塔的開關，遠處的一大塊電子牆就會被關閉。回到飛行器平臺，乘坐飛行器通過剛才的電子牆，降落後進入前面的門，打開開關，出現藍色任意門就可以過關。
11，The Old Tribes
一開門對面遠處就有幾個狙擊手，反狙之。然後進入左邊的門，發現有很多紅外探測器，如果給探測到，對面的機槍就會掃射。雖然可以慢慢避開，不過直接將對面的機槍打爆相信是一個更好的選擇。盡頭有開關可以關閉紅外探測，開關旁邊的門內可以打開一個任意門，進入後用靈魂模式可以得到彈藥。回到剛剛紅外探測的通道，進入中間的門，打開重力通道，去到另一邊，再強行打爆機槍，出到外面的通道，小心飛行的敵人，兩炮火箭炮可輕鬆收拾。然後再行入通道，又是討厭的紅外探測，盡頭的門外的重力通道並未開啟，只能從中間的門通過，用靈魂通過粒子牆，關閉粒子門和通過隱形橋打開重力通道。從重力通道去到對面，打開任意門，去到高處的控制塔上，打開控制塔的開關後會出現很多敵人，用狙擊逐一消滅。然後原路返回，剛剛沒有打開的重力通道已經開啟了，走上重力通道，小心中間出現的敵人，去到盡頭後跳落平臺。平臺上的螢幕顯示要小心不要從管道掉落下去，不過玩家需要從管道小心的掉落到下邊的通道。首先狙擊對面的敵人，等所有敵人都殺死後，走上管道，看準位置掉落到下一層的管道，然後再去到下邊的通道。然後會出現飛行的敵人，可以不理會，衝到對面的門口進入，發現一個飛行器平臺。
14，The Dark Harvest
行前兩步就見到外星女人Elhuit被Keeper打傷了，湯米吩咐珍留在原地，自己會去尋找出路。從右邊的門殺出去，一路殺到底，會來到一間大房，遊戲的第二個Boss（似乎就是第一個牛牛Boss）會在此處出現。其實Boss本身的攻擊比較單一，只要保持好距離，小心他的掃射就可以輕易打敗他。另外遠處持槍的敵人可以不理會，不過對於衝到身邊的狗狗就一定要殺死。如果彈藥不夠，下面有兩個彈藥庫，而且有不少補血點，所以相信玩家都能輕易打敗Boss。打敗Boss之後，Keeper捉住了珍，逃入了任意門，於是湯米也追了進去。
15，Following Her
一出去就見到Keeper捉著珍飛了上去，走上左邊的重力通道，通過一個任意門，來到一個大房間。消滅所有敵人後，來到二樓，用靈魂模式進入粒子門，按下FLOOR 1，將升降機降到一樓，然後行上橋狀的升降機，用靈魂過去按FLOOR 2。離開升級機後，來到一個有紅外探測的房間，消滅敵人後補充好彈藥（房間內有兩個彈藥庫），準備下一個房間的激戰。去到下一個房間，左邊有一條重力通道，不過路的盡頭的門被封住了，似乎要達到某些條件才能打開。跳到下面，就有很多四腳怪從牆上的裂縫出現。四腳怪比較難對付，建議用元素槍打，因為左右兩邊有火元素可以補充。殺死所有四腳怪後，從左右兩邊的重力通道都可以回到上一層，剛才被封住的門已經打開，行上重力通道，通過任意門。
18，Center Of Gravity
首先用靈魂模式過去關閉粒子門，然後前進到盡頭殺死所有敵人，旁邊有一個任意門，同時房間內有一升降機開關（升降機在外面遠處）。將升降機升上來，然後通過任意門，讓湯米站到盡頭的升降機處，然後用靈魂通過隱形橋，打開任意門開關，回到剛才有升降機開關的房間，將升降機降落去。回到肉體繼續前進，不理會飛行的敵人，鑽入右面地下的任意門，進入任意門後，左邊地下亦有一到門，只要走上去就會自動打開。掉落來之後，來到下邊有兩個熔岩洞的房間，小心跳下去，不要掉進熔岩洞，去到熔岩洞之間的地方，頭頂有一個重力裝置，啟動裝置然後進入前面的門。來到戶外平臺後，左邊有一條重力通道，不過沒有開啟，首先行右邊，遇到斷裂的地方就用靈魂模式過去，打開一個開關，重力通道就開啟了。回到肉體，行上重力通道，一直行到底，就會來到剛才重力通道開關的地方。消滅剩餘的敵人後，發現旁邊有一個飛行器平臺。
20，Oath Of Vengeance
再次來到湯米祖先的聖地，不過天色非常陰暗，而且中間的火竟然熄滅了，祖父看上去也非常虛弱。進入精神洞穴，湯米的血條得到升級，此時祖父呼叫湯米儘快出來。出去後發現外星人已經來到了聖地，祖父正在阻擋著牛頭人的進攻。祖父消失後馬上躲藏到前面石柱的位置，然後用強酸槍右鍵射擊牛頭人，射一隻硫酸就躲回石柱後，只要4、5支硫酸就能殺死牛頭人。之後有大量的敵人出現，不能再躲到石柱後，只能邊跑邊射擊，只要堅持一段時間，就會出現一個藍色任意門，儘快跑過去，回到太空船內。
21，Facing The Enemy
回到飛船後，首先要消滅外面大量的敵人，左邊有一個開關，過去開啟，牆上可以補充元素槍的彈藥，消滅敵人後，會出現一個任意門。進入任意門，通過一個掃描門，來到一個有兩個開關的房間，前面還有一個不斷轉動的柱。開啟兩個開關（動作要快，因為會自動關閉），然後柱上就會有一道門打開，向著門內發光的地方開槍，柱就會被摧毀。然後用靈魂過去啟動對面的開關，前面就會出現一條路。一直行到盡頭，首先消滅飛行怪，前面上方有一個平臺，需要啟動開關，平臺才會降下來。不過開關有兩個，要同時啟動才可以。首先走到一個開關前，不要啟動開關，然後用靈魂去到另外一個開關啟動，馬上按E鍵回到肉體觸發開關，升降機就會降下來。之後要儘快跑上升降機，因為升降機會即刻升上去。上到去之後一直走，會來到一個大平臺與Keeper對話。之後要對付一大群怪物，其中還有幾隻Boss級的怪，牆上有兩個火元素可以補充，消滅所有小怪物後，Keeper會現身，它的攻擊方法比較單一，只要躲在柱後他就打不到玩家。殺死Keeper後，進入前面的門。
三、遊戲密技：
遊戲中按 Ctrl+Alt+～ (或者在快捷方式後面加參數 +seta com_allowconsole "1" ,加參數的話直接按～鍵就可以打開控制臺 )，然後輸入如下指令：
在遊戲中按下"Ctrl"+"Alt"+"~"鍵啟動Console模式，然後視需求輸入下列的指令即可。
◇ give ammo 彈藥全滿
◇ give all 獲得所有武器與物品
◇ give health 生命值全滿
◇ god 啟動無敵(再按一次解除)
◇ notarget 敵人視你而不見(再按一次解除)
◇ noclip 啟動穿牆模式(再按一次解除)
